Почему знак тильда используется в фонетической транскрипции?

Знак тильда (волнистая черта) используется в фонетической транскрипции для обозначения различных нюансов произношения. ru.wikipedia.org ru.stegmax.com

Некоторые значения тильды:

• Мягкий звук. ru.wikipedia.org Например, в испанском языке тильда в букве Ñ обозначает звук, близкий к «нь». ru.wikipedia.org
• Неогубленный гласный. ru.wikipedia.org В эстонском языке тильда в букве Õ обозначает неогубленный гласный заднего ряда средне-верхнего подъёма [ɤ]. ru.wikipedia.org
• Носовое произношение. ru.wikipedia.org В португальском языке тильда в буквах Ã и Õ обозначает носовое произношение гласных. ru.wikipedia.org
• Облечённое ударение. ru.wikipedia.org В греческой политонической орфографии тильда над гласной обозначает облечённое ударение и является шрифтовым вариантом круглой шапочки над буквой. ru.wikipedia.org

В некоторых системах фонетической транскрипции (в том числе в МФА) тильда над гласной является показателем носового произношения. ru.wikipedia.org