Почему некоторые слова имеют одинаковое звучание, но разные окончания в зависимости от спряжения?

Слова с одинаковым звучанием, но разными окончаниями в зависимости от спряжения, потому что в русском языке есть два типа спряжения, которые отличаются гласными фонемами во всех личных окончаниях (кроме 1-го лица единственного числа). gram.cerm.ru

В словах 1-го спряжения в этих окончаниях гласные фонемы <о> и <у>, а в словах 2-го спряжения — <и> и <а>. gram.cerm.ru

Например:

• 1-е спряжение: -у (-ю), -ешь, -ет, -ем, -ете, -ут (-ют). skysmart.ru
• 2-е спряжение: -у (-ю), -ишь, -ит, -им, -ите, -aт (-ят). skysmart.ru

Одинаковые окончания у глаголов разного спряжения могут быть только в форме первого лица единственного числа. skysmart.ru

Кроме того, есть разноспрягаемые глаголы, которые в разных формах (например, в единственном и множественном числе) имеют окончания, характерные и для первого, и для второго спряжения. lenta.ru К таким глаголам относятся, например, «чтить», «хотеть», «бежать», «брезжить». lenta.ru