Имеет ли смысл шифровать мастер-пароль перед передачей с шифрованием канала SSL?

Да, шифрование мастер-пароля перед передачей с шифрованием канала SSL имеет смысл. yandex.ru

Это помогает защитить от атаки «человек посередине» (MiTM), когда злоумышленник тайно ретранслирует и при необходимости изменяет связь между двумя сторонами. yandex.ru Хэширование пароля также помогает скрыть уязвимости транспорта: если SSL-соединение скомпрометировано, злоумышленник не сможет увидеть исходный пароль. stackoverflow.com

Для увеличения надёжности можно использовать дополнительное шифрование: шифровать сообщения на клиенте с помощью симметричного блокового шифрования, а по сети передавать их, используя шифрование SSL (асимметричные системы шифрования). ru.stackoverflow.com

Выбор мер по обеспечению безопасности зависит от конкретных условий и требований к защите данных.